专利详情

专利名称	双向多步De Bruijn图的重复双向边识别与去除方法
申请号	CN201310670440.3	专利类型	发明专利
公开（公告）号	CN103699813A	公开（授权）日	2014.04.02
申请（专利权）人	深圳先进技术研究院	发明（设计）人	孟金涛;张慧琳;彭丰斌;魏彦杰;冯圣中
主分类号	G06F19/10(2011.01)I	IPC主分类号	G06F19/10(2011.01)I
专利有效期	双向多步De Bruijn图的重复双向边识别与去除方法至双向多步De Bruijn图的重复双向边识别与去除方法	法律状态	实质审查的生效
说明书摘要	本发明公开一种双向多步De?Bruijn图的重复双向边识别与去除方法，包括步骤：S1.读取测序数据源文件，并构造双向多步De?Bruijn图；S2.判断出度为3的顶点u是否指向的同一个顶点v的同一方向或者同一端，指向相同的一端为耦合重复双向边，指向不同的一端为错误重复双向边；S3.对被判定含有耦合重复双向边顶点u和被判定含有错误重复双向边顶点u进行判断删除。本发明根据重复双向边形成，将部分重复双向边分类，并采取正确的措施清除De?Bruijn图中存在的重复双向边；使contigs可以继续延长，De?Bruijn图继续收缩；有效的解耦并去除重复双向边，而且避免对正确的双向边的破坏，从而可以一定程度上提高contigs的长度，提高contig的质量。