专利详情

专利名称	双向多步De Bruijn图的突出端识别与去除方法
申请号	CN201310672168.2	专利类型	发明专利
公开（公告）号	CN103699814A	公开（授权）日	2014.04.02
申请（专利权）人	深圳先进技术研究院	发明（设计）人	孟金涛;张慧琳;彭丰斌;魏彦杰;冯圣中
主分类号	G06F19/10(2011.01)I	IPC主分类号	G06F19/10(2011.01)I
专利有效期	双向多步De Bruijn图的突出端识别与去除方法至双向多步De Bruijn图的突出端识别与去除方法	法律状态	实质审查的生效
说明书摘要	本发明公开一种双向多步De?Bruijn图的突出端识别与去除方法，包括步骤，S1、读取测序数据源文件，并构造双向多步De?Bruijn图；S2、设定所述双向多步De?Bruijn图中的每个顶点u的数据结构，对所述双向多步De?Bruijn图突出端双向边的识别；S3、对所述双向多步De?Bruijn图突出端双向边的去除。本发明基于相关节点的结构信息以及边的相对丰度来判别该突出端是否可以被删除，本发明方法的判别方式比以前的方法更精细，考虑的De?Bruijn图中的信息更多；可以有效的删除突出端双向边，从而可以一定程度上提高contigs的长度，同步提高contig的质量。