专利详情

专利名称	基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的双向边扩展方法
申请号	CN201310670740.1	专利类型	发明专利
公开（公告）号	CN103699818A	公开（授权）日	2014.04.02
申请（专利权）人	深圳先进技术研究院	发明（设计）人	孟金涛;张慧琳;彭丰斌;魏彦杰;冯圣中
主分类号	G06F19/22(2011.01)I	IPC主分类号	G06F19/22(2011.01)I
专利有效期	基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的双向边扩展方法至基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的双向边扩展方法	法律状态	实质审查的生效
说明书摘要	本发明涉及基因测序技术领域，提供了一种基于多步双向De?Bruijn图的变长kmer查询的顶点扩展方法，包括：步骤A：读取测序数据源文件，构造多步双向De?Bruijn图；步骤B：在所述多步双向De?Bruijn图中对交叉双向边进行统计；步骤C：在所述多步双向De?Bruijn图中基于变长kmer查询的双向边扩展。本发明只针对De?Bruijn图上已经存在的分叉边构造变长的kmer组合，并在输入序列中查询其出现次数，然后根据其次数选择双向边的合并；选择最优的分叉边的合并，将双向边的错误合并的可能降到最低；可以显著提高contigs的长度，也能够将contig的质量损失降到最小。