专利详情

专利名称	基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的顶点扩展方法
申请号	CN201310670752.4	专利类型	发明专利
公开（公告）号	CN103699819A	公开（授权）日	2014.04.02
申请（专利权）人	深圳先进技术研究院	发明（设计）人	孟金涛;张慧琳;彭丰斌;魏彦杰;冯圣中
主分类号	G06F19/22(2011.01)I	IPC主分类号	G06F19/22(2011.01)I
专利有效期	基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的顶点扩展方法至基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的顶点扩展方法	法律状态	实质审查的生效
说明书摘要	本发明涉及基因测序技术领域，提供了一种基于多步双向De?Bruijn图的变长kmer查询的顶点扩展方法，包括：步骤A：读取测序数据源文件，构造多步双向De?Bruijn图；步骤B：在所述多步双向De?Bruijn图中对分叉顶点的变长kmer进行构造和统计；步骤C：在所述多步双向De?Bruijn图中基于变长kmer查询的顶点扩展。本发明只选取一些分叉的顶点构建非常少的一些变长kmer，然后对这些分叉顶点进行定向解耦，无需对每种kmer长度都去构建一个De?Bruijn图，可以方便快速地解决所有长度小于序列长度的repeat，最大化contig的长度和质量。