专利详情

专利名称	双向多步De Bruijn图的错误双向边识别与去除方法
申请号	CN201310672170.X	专利类型	发明专利
公开（公告）号	CN103714263A	公开（授权）日	2014.04.09
申请（专利权）人	深圳先进技术研究院	发明（设计）人	孟金涛;张慧琳;彭丰斌;魏彦杰;冯圣中
主分类号	G06F19/10(2011.01)I	IPC主分类号	G06F19/10(2011.01)I
专利有效期	双向多步De Bruijn图的错误双向边识别与去除方法至双向多步De Bruijn图的错误双向边识别与去除方法	法律状态	实质审查的生效
说明书摘要	本发明公开一种双向多步De?Bruijn图的错误双向边识别与去除方法，包括步骤，S1、读取测序数据源文件，并构造双向多步De?Bruijn图；S2、统计整个所述双向多步De?Bruijn图的所有双向边的加权平均覆盖度W；S3、遍历整个所述双向多步De?Bruijn图的所有边，将覆盖度小于平均覆盖度W的0.25倍的双向边确定为错误双向边，并将其去除。本发明可以部分清除De?Bruijn图中普遍存在的错误，上述错误包括错误链接、Tip型错误、泡型错误；将使contigs可以继续延长，De?Bruijn图继续收缩；可以有效的发现错误的双向边，而且避免对正确的双向边的破坏，从而可以一定程度上提高contigs的长度，提高contig的质量。